Titik nol kilometer Yogyakarta berada di persimpangan yang mempertemukan empat ruas jalan, yaitu Jalan KH. Ahmad Dahlan dari sisi barat, Jalan Margo Mulyo dari sisi utara, Jalan Panembahan Senopati dari sisi timur, dan Jalan Pangurakan dari sisi selatan. Lokasi ini bukanlah persimpangan biasa, sebab persimpangan ini merupakan titik tengah atau sentral Kota Yogyakarta, seperti dilansir dari laman Arsip dan Perpustakaan Kota Yogyakarta. Selain itu, lokasinya berada di depan Keraton Yogyakarta yang merupakan pendiri daerah istimewa ini.
Pada akhir 1970-an hingga awal 1980-an, di tengah perempatan tersebut masih ada air mancur. Diperkirakan, letak titik nol kilometer Yogyakarta tepat berada di lokasi air mancur ini. Mengutip dari laman Galeri Pasar Kotagede, titik nol kilometer berada di pusat sumbu imajiner yang menghubungkan Gunung Merapi, Keraton Yogyakarta, dan laut selatan.